Năm 308, thời vua chú Tấn Hoài đế, Tư Mã Nghiệp được phong làm Tán Kị thường thị, Phủ quân tướng quân.

Năm 311, quân Hán Triệu tràn vào tấn công kinh đô Lạc Dương, Tấn Hoài đế bị bắt, Tư Mã Nghiệp chạy về huyện Mật[1], gặp cậu là Tư không Tuân Phiên. Vừa lúc đó Thứ sử Dự Châu Diêm Đỉnh mộ được vài ngàn quân ở đó, ông bèn cùng Đỉnh hợp binh cố thủ huyện Mật.

Từ khi Hoài đế bị bắt, tông thất Tây Tấn không ai dám xưng đế. Sau khi Tư Mã Nghiệp thành lập lực lượng, các tướng Sách Lâm, Giả Thất dấy binh khôi phục nhà Tấn. Tới tháng 4 năm 312, Giả Thất chiếm được Trường An, bèn sai người đón Tư Mã Nghiệp về. Tháng 9 năm đó, Tư Mã Nghiệp lên ngôi thái tử ở Trường An.

Tuy nhiên sau đó Giả Thất, Sách Lâm và Diêm Đỉnh lại tranh giành quyền bính. Tháng 12 năm đó, Giả Thất giao chiến với tướng Hán là Bành Thiên Hộ tử trận. Quân Hán rút đi, Diêm Đỉnh giết Lương Tổng; Sách Lâm và Cúc Doãn lại mang quân đánh và giết chết Diêm Đỉnh. Nội bộ Tây Tấn nảy sinh mâu thuẫn trầm trọng.

Năm 313, Tấn Hoài Đế bị Lưu Thông giết ở Bình Dương. Sách Lâm tôn Tư Mã Nghiệp lên ngôi, tức Tấn Mẫn Đế.

Sau khi lên ngôi, Tấn Mẫn Đế viết chiếu triệu các trấn Vương Tuấn ở U Châu, Lưu Côn ở Tinh Châu, Tư Mã Bảo ở Thượng Khuê[2], Tư Mã Tuấn ở Giang Nam cần vương đánh Hung Nô, Tuy nhiên không ai hưởng ứng. Sách Lâm và Cúc Doãn ở Trường An phải đơn độc chiến đấu với quân Hung Nô. Dù quân Tấn vài lần đánh lui được địch nhưng ngày càng hao mòn, lại không được tiếp viện nên không thể giữ lâu.

Tháng 8 năm 316, Hán Triệu sai Lưu Diệu lại tấn công Trường An]. Thành ngoài bị mất nước, Sách Lâm phải lui vào thành nhỏ. Người trong thành khốn quẫn, giết nhau để ăn. Tấn Mẫn Đế cùng đường, bèn bàn với Cúc Doãn "nhẫn nhục ra hàng, để cứu sĩ dân"[3]. Sách Lâm mưu tính việc riêng, sai người ra nói với Lưu Diệu rằng trong thành đủ lương, nhưng nếu Lâm được phong chức lớn thì Lâm sẽ hàng. Lưu Diệu cự tuyệt.

Ngày 11 tháng 11 năm đó, Mẫn Đế mang ngọc tỷ truyền quốc ra hàng, bị giải về Bình Dương, phong làm Hoài An Hầu. Cúc Doãn tự vẫn trong ngục, Sách Lâm bất trung nên bị Lưu Thông giết chết.